Missão: "Executar as atividades relacionadas à implantação de projetos voltados para o desenvolvimento do Sistema de Controle do Espaço Aéreo Brasileiro (SISCEAB) e de outros projetos de interesse do COMAER que lhe forem atribuídos, bem como a modernização de sistemas já implantados."
A CISCEA é uma Organização do Comando da Aeronáutica, subordinada ao Departamento de Controle do Espaço Aéreo (DECEA), que foi criada com a missão de desenvolver concepções, estudos, especificações, desenvolvimento de tecnologia e/ou equipamentos, aquisições, desapropriações, construções, instalações elétricas e atividades decorrentes e correlatas, necessárias à implantação de um determinado sistema no âmbito do SISCEAB (Sistema de Controle do Espaço Aéreo Brasileiro).
Assim, a CISCEA foi responsável pela implantação dos Centros Integrados de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aérea – CINDACTA; Centros de Controle de Aproximação (APP); implantação de sistemas Radar; tratamento e visualização de dados Radar e sistemas de telecomunicações aeronáuticas

Presidência - PR
Assessorias - PR
ACI - Assessoria de Controle Interno.
AJUR - Assessoria Jurídica.
APLN - Assessoria Planejamento.
ASEG - Assessoria Segurança.
Vice-Presidência - VP
Assessora a Presidência e executa o planejamento, a coordenação e o controle geral dos programas e projetos atribuídos à Comissão.
Assessorias - VP
AGQL - Assessoria de Gestão de Qualidade.
ANOR - Assessoria de Normatização.
ATDA - Assessoria em Tecnologia da Informação, Documentação e Apoio.
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VAP - Centro de Apoio.
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VDC - Centro de Documentação.
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VTI - Centro de Tecnologia da Informação.
GCEA - Assessoria em Gerência de Programas de Implantação da CISCEA.
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GCO - Seção de Coordenação de Contratos.
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GIP - Seção de Informação de Projetos.
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GPR - Seção de Gerência de Projetos de Projetos.
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GSC - Secretaria da Assessoria em Gerência de Programs de Implantação.
Divisão Administrativa – DA
Planejar, coordenar, executar e controlar as atividades administrativas, financeiras e contábeis, necessárias à implantação dos projetos atribuídos à Comissão. A Divisão Administrativa possui as seguintes seções:
ACT - Seção de Contratos e Custos.
ALC - Seção de Licitações.
AMI- Seção de Material de Intendência.
APC- Seção de Processamento Contábil.
ASC - Secretaria.
Divisão de Infra-estrutura – DI
Planejar, coordenar, executar e controlar as atividades relacionadas com as obras civis, com a elaboração de estudos, especificações e projetos de infra-estrutura, bem como com a execução de atividades patrimoniais que visem o controle e regularização dos bens imóveis incorporados, necessários à implantação e à operacionalização dos programas e projetos atribuídos à Comissão. A Divisão de Infra-estrutura possui as seguintes seções:
IEL - Seção de Eletricidade.
IFC - Seção de Fiscalização e Controle de Obras.
IMC - Seção de Mecânica e Climatização.
IPR - Seção de Projetos.
ISC - Secretaria.
Divisão de Logística – DL
Planejar, coordenar, executar e controlar as atividades relacionadas com as especificações e dimensionamentos logísticos, o transporte, o desembaraço alfandegário e a garantia técnica de equipamentos, sistemas e materiais necessários à implantação e à operacionalização dos programas e projetos atribuídos à Comissão. A Divisão de Logística possui as seguintes seções:
LIP - Seção de Implantação de Projetos.
LPL - Seção de Planejamento Logístico.
LSI - Seção de Suporte à Implantação.
LST - Seção de Suporte Técnico e Documental.
LSC - Secretaria.
Divisão Operacional – DO
Planejar, coordenar, executar e controlar as atividades relacionadas com as especificações operacionais, as concepções, os projetos operacionais e as instalações de equipamentos, sistemas e órgãos operacionais, necessárias à implantação e à operacionalização dos programas e projetos atribuídos à Comissão. A Divisão Operacional possui as seguintes seções:
OAM - Seção de Aplicações Militares.
OCG - Seção de Circulação Aérea Geral.
ORC - Seção de Requisitos e Configuração de Sistemas.
OSA - Seção de Suporte da Atividade Aérea.
OSC - Secretaria.
Divisão Técnica – DT
Planejar, coordenar, executar e controlar as atividades relacionadas com as especificações técnicas, as configurações, os projetos técnicos, e as instalações dos equipamentos, sistemas e órgãos técnicos, necessários à implantação e à operacionalização dos programas e projetos atribuídos à Comissão. A Divisão Técnica possui as seguintes seções:
TPE - Seção de Projetos Eletrônicos.
TRA - Seção de Radiodeterminação e Auxílio à Navegação.
TTL - Seção de Telecomunicações.
TVD - Seção de Tratamento e Visualização de Dados.
TSC - Secretaria.
Fonte: Regimento Interno